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Il Mincio esce dal Lago di Garda presso Peschiera e prende a scorrere prima tra le colline moreniche del Garda fino a Valeggio sul Mincio poi nella Pianura Padana con un certo dislivello (da Peschiera a Goito 34 m in 28 km), bagnando lungo il suo corso inferiore la città di Mantova.dopo avere creato, attorno alla città , i tre laghi: Superiore, di Mezzo e Inferiore. A sud di Mantova, entra nel Po come affluente di sinistra presso Governolo, dove è regolato da alcune dighe per consentirne la navigazione.
Tra le località attraversate dal fiume v'è da ricordare: Peschiera del Garda, Ponti sul Mincio, Salionze, Monzambano, Valeggio sul Mincio, Volta Mantovana, Goito, Marmirolo, Porto Mantovano, Rivalta sul Mincio, Grazie di Curtatone, Curtatone, Virgilio, Bagnolo San Vito e Roncoferraro. Presso il comune di Valeggio il fiume incontra l'edificio regolatore del Garda o diga di Salionze che regola il flusso del fiume, quindi attraversa Borghetto sul Mincio, dove esiste un canale artificiale costruito per deviare l’eccesso d’acqua del fiume in caso di piena.