La chiesa di San Giovanni è stata costruita tra il XIII ed il XIV secolo sopra la più antica cattedrale di San Mariano.
Nel XIV la leggenda narra che la chiesa di San Giovanni era l'unica chiesa con una fonte battesimale e quindi gli eugubini venivano battezzati qui; tuttavia la fonte battesimale che oggi si vede dentro la chiesa di San Giovanni è "solamente" del 1510.
La chiesa è realizzata in stile gotico / romanico del periodo su di un'unica navata, senza transetto e quattro grandi archi.
La Chiesa di San Giovanni Battista è stata la chiesa di Don Matteo (Terence Hill) fino a che la fiction è stata girata a Gubbio.