Ciao,
Provo a portare la mia umile esperienza. Mi sono trovato spesso in situazioni simili, con all'inizio risultati simili. Ovvero situazione di quasi totale oscurità, soggetto relativamente prossimo alla fotocamera da esporre correttamente, sfondo lontano (e buio).
Il problema è che semplicemente non puoi avere soggetto e sfondo illuminati in modo simile. O bruci il soggetto o lasci lo sfondo sottoesposto. Il flash, come tutte le fonti luminose eccetto il sole, segue la regola per cui la luce cade con il quadrato della distanza. Se hai un soggetto a un metro e uno sfondo a due ammesso di avere il soggetto illuminato con una quantità di luce X lo sfondo a due metri sarà a X/9, a tre metri x/9 e via dicendo. I sistemi esposimetrici aiutano ma sempre seguendo questa regola; ovvero possono dare o meno "peso" al soggetto rispetto allo sfondo e viceversa, ma miracoli non ne fanno.
Chiusa la parte storica io per ovviare procedo alzando la sensibilità senza paura, 1600 o 3200 senza problemi, tempo adeguato a fermare l'azione (importante perchè sfruttando anche la luce ambiente miscelata al flash rischi immagini fantasma), aprendo il diaframma (mi serve luce e lo sfondo anche se è sfocato non è un problema, si parla di ritratti) quanto basta per avere un'esposizione corretta o al limite in lieve sottoesposizione. Modalità manuale. Scatto, prova, verifica esposizione. Poi aggiungo il flash, TTL e gioco con la compensazione fissa (del flash) solamente fino ad avere un risultato che mi soddisfa.
Non è la procedura più corretta in assoluto, il marketing prevede che l'automatismo ti garantisca risultati pefretti senza pensare troppo. I tuoi risultati (e i miei in passato) dicono il contrario. Però funziona. Tra l'altro in questo modo stressi anche poco il flash dato che lavora in supporto alla luce ambiente e non come luce principlae. Ricordati anche di bilanciare sempre il bianco del flash con quello della luce ambiente.
Se poi lavori al buio totale la faccenda si complica ancora. Con un flash sulla fotocamera potrai ottenere solo risulati miseri. In queste condizioni serve ragionare sull'illuiminazione complessiva di scena con più punti luce. Cosa che può diventare impegnativa economicamente, quantomeno rimanendo in casa Nikon.