Non e' una impostazione che riguarda il Coolscan....
La numerazione progressiva dei file generati dipende esclusivamente dal software che utilizzi per pilotare lo scanner, qualunque esso sia. Nel caso del Coolscan, vista l'indisponibilita' di driver 64bit nativi e per Windows 10 (ci si piu' arrangiare piu' o meno con driver per Vista modificati, reperibili in rete, ma non sempre funzionano stabilmente) e' problematico l'utilizzo del software nativo di gestione Nikonscan (tra l'altro oramai alquanto vecchio...), ma fortunatamente esistono alternative software (ovviamente a pagamento) altrettanto valide e piu' moderne, come Vuescan e Silverfast giusto per dirne un paio.
Personalmente ho abbandonato Nikonscan da diversi anni ed utilizzo Vuescan, che, almeno nel mio workflow (scansione della singola diapositiva inserita nel telaietto, salvataggio, inserimento di una nuova diapositiva, nuovo salvataggio etc...) fa quello che chiedi tu, ovviamente fino a che non interrompi la sessione, perche', come tutti i software, non puo' sapere cosa hai fatto in una precedente sessione.... nel qual caso ricomincia da capo.
Buona luce e buone foto