Perché fare ipotesi strane quando c'è il manuale che parla chiaro per non parlare del firmare della fotocamera; se viene offerta la possibilità di fare la taratura fine AF per obiettivo un motivo ci sarà... Il manuale dice pure che in presenza di più copie dello stesso obiettivo vengono mostrate le ultime cifre del numero di serie per poterli distinguere... Quindi ogni obiettivo fa storia a se.

E concorda pure con la logica che sta dietro al concetto di taratura cioè "allineare" le tolleranze di produzione tra macchina e obiettivo.

Cito dal seguente link del sito nikon support.

Professional photographers sometimes require an extra level of ultra-fine AF tuning. This feature allows you to fine-tune and register the autofocus position for multiple lens models, then apply that compensation whenever the lens is attached. It's important to remember that AF Fine-Tune is an adjustment specific to the camera and lens combination under test. The adjustment has to be repeated should you need to adjust another lens with the same camera body or another camera body and lens combination.

Nikon support

Ora cosa faccia LTR sinceramente lo ignoro... Io credo che usino degli strumenti per fare la regolazione fine AF oppure, nei casi più gravi, agiranno direttamente sui parametri non visibili tramite menù. Per esempio se non sbaglio in LTR possono regolare anche i singoli sensori (per esempio per risolvere un problema di differenza destra/sinistra).
Se qualcuno sa... Parli

Le modalita di fare le tarature in LTR sono ,,Top Secret'' ...

Qualche anno fa ...
... avevo un amico che lavorava li dentro, non mi ha mai svelato niente, neanche dopo qualche birra ...