E' possibile fare in modo che i file nef e i file jpg vengano salvati in due cartelle diverse?
Dividerli manualmente sul computer fa perdere davvero troppo tempo, e sto impazzendo con i vari software di conversione per rendere condivisibili le foto...

Perché dici che fa perdere tempo? Le ordini per tipo e già hai i raw divisi dai jpeg, poi selezioni tutti i raw e li copi in una nuova cartella, ci impieghi 30 secondi.
Se hai una sola sd all'interno della macchina non credo sia possibile fare la divisione. Se invece hai ad es una 7xxx puoi salvare su una sd i raw e sull'altra i jpeg.

Dipende da che sofwtare usi. Se usi Adobe Bridge è un'operazione da pochi secondi.