A parte il fatto che, dal mio punto di vista, ovviamente, non ha molto senso riportare tutto alla condizione originale (*), la procedura batch funziona con l'applicazione di regolazioni comuni per una serie d'immagini e non per riportare alle origini una serie di files.
Credo che, l'unica possibilità sia proprio quella di richiamare il file originale un'immagine per volta.
Per quanto riguarda il salvataggio, una volta elaborato un NEF, lo salvo come NEF e basta. Trasformo in JPG solo quando e quelle immagini che devo stampare.
Ciao,
Alessandro.
(*) Non ha senso perchè, con CNX2 potrai farlo in ogni momento e solo per le immagini che desideri. Se usi anche un software di terze parti è ancora più semplice visto che non leggerà mai le impostazioni di CNX2.
Se però, dai una motivazione sul perchè vuoi tornare alle origini, forse ti si potrà aiutare meglio.