Mi hanno fatto la normale pulizia del sensore e la pulizia profonda sotto il filtro passa basso, ma le macchie sono sempre lì.

mmmmmm...io manderei la macchina a LTR (Moncalieri) o CSA Advanced (Roma) che magari non saranno così rinomati ma sono assistenza ufficiale, ti risolvono il problema e soprattutto evitano di raccontarti stro..ate

Mi pare che si dia per scontato che il problema avvenga anche con uso di obiettivi diversi.
Ma non è mai stato detto. È davvero da escludere che possa esserci anche un problema della lente (se unica ad essere stata provata)?